Instructions TP

Environnement de travail

Nous utilisons le serveur jupyter mis à disposition par l'université. Ainsi vous avez accès en ligne, depuis n'importe quel ordinateur, à l'ensemble des logiciels requis pour les TP.

Nos TP sont basés principalement sur deux logiciels SageMath et Jupyter qui sont tous les deux des logiciels libres.

Connexion au serveur

Connectez vous avec vos identifiants Adonis sur la page suivante:

https://jupytercloud.lal.in2p3.fr/

BUG : Si après vous être connecté une première fois, vous n'arrivez plus à cous connecter car vous êtes systématiquement redirigé vers la page de connexion : ouvrez un nouvel onglet en "navigation privée" ou effacez les cookies. C'est un bug connu du serveur actuel

Dans la boîte de sélection d’établissement, saisissez Sud puis sélectionnez Université Paris Sud.

Vous arrivez à un écran "Start My Server" cliquez dessus pour démarrer votre serveur Jupyter personnel.

Vous obtenez un navigateur sur les fichiers de votre dossier personnel sur ce serveur. Notez que ce dossier est indépendant de votre dossier personnel dans les salles de TP. Aussi, si c’est la première fois que vous utilisez le service JupyterHub, ce dossier est vide.

Votre serveur sera automatiquement éteint au bout de deux heures d’inutilisation. Mais votre dossier personnel est conservé d’une fois sur l’autre.

Serveur de secours

Si le serveur jupyter de l'université ne fonctionne plus, vous pouvez utiliser ce serveur de secours

ATTENTION pas de sauvegarde automatique sur ce serveur. Pensez à cliquer "save" sur vos notebook jupyter et à faire un "submit" avant de quitter la page.

Remarque : sur ce serveur, seuls les logiciels du cours projet math-info sont installés (sans les commandes de logiciels des autres cours d'informatique présents sur le serveur de l'université)

Mise en place (premier TP)

Créez un dossier ProjetMathInfo sur votre serveur.

Vous pouvez créer le dossier en cliquant sur le bouton "New >> Floder" en haut à droite. Ou en ouvrant un terminal "New >> terminal" puis en tapant la commande :

mkdir ProjetMathInfo

Lancez les deux commandes suivantes (en mettant votre nom et email dans la partie entre guillemets) pour configurer git qui sert à sauvegarder vos TP sur gitlab

git config --global user.name "Viviane Pons"

git config --global user.email "monemail.amoi@u-psud.fr"

Récupérer un TP

Ouvrez un terminal New >> terminal (en haut à droite) puis allez dans le dossier ProjetMathInfo en tapant

cd ProjetMathInfo

Ensuite, lancez la commande correspondant au TP que vous voulez récupérer :

projet-math-info fetch TP1

projet-math-info fetch TP2

projet-math-info fetch TP3

projet-math-info fetch TP_CheminsRecursifs

projet-math-info fetch TP_Des

projet-math-info fetch TP_Geologie

Une fois le TP récupérer, vous trouverez la feuille Jupyter dans le dossier correspondant sur votre serveur. Vous pouvez réaliser le TP directement sur le serveur.

Enregistrer / soumettre le TP

En fin de séance, pensez à "soumettre" votre TP, c'est-à-dire à l'enregistrer sur le serveur gitlab. Cela vous permet de :

• sauver votre travail en cas de problème sur le serveur Jupyter
• rendre votre travail accessible à votre enseignant

La commande pour sauvegarder un TP sur gitlab est la suivante :

projet-math-info submit TP1

(remplacez TP1 par le nom du TP que vous sauvegardez)

Attention ! Vérifiez bien que l'envoi du TP a fonctionné. Vous devez voir le message suivant

INFO:travo:- Soumission effectuée. Vous pouvez consulter votre dépôt:

Vous pouvez vérifier sur le lien que la soumission a fonctionné, c'est-à-dire que le fichier est bien à jour sur gitlab. En particulier, vous devez voir l'envoi que vous avez fait depuis "l'acivité" du projet gitlab ou dans la liste des "commits"

Installer l'environnement de travail chez vous

Cette partie est réservée aux étudiantes et étudiants qui souhaitent directement travailler sur leur propre machine sans passer par le serveur jupyter en ligne.

J'ai testé les instructions sur une machine sous Linux. Je ne sais pas si tout fonctionne sur les autres Systèmes d'exploitations (en particulier sous Windows) . En suivant les instructions jusqu'au bout, vous obtenez une copie de l'environnement de travail avec la commande projet-math-info.

Si ça ne fonctionne pas, vous pouvez aussi vous contenter d'installer le logiciel SageMath. Vous n'aurez simplement pas accès à la commande pour faire des fetch / submit mais vous pouvez télécharger / uploader les fiches depuis le serveur jupyter ou gitlab.

Etape 1 : Installation de miniconda (si pas déjà fait au premier semestre)

Suivez les instructions de https://conda.io/miniconda.html . Sous linux, ce sera, dans un terminal:

wget https://repo.continuum.io/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh

À la fin de l’installation, le script modifie votre .bashrc pour rajouter conda dans votre PATH. Il faut ouvrir un nouveau terminal pour que cela prenne effet. Essayez, par exemple:

conda list

Etape 2 : Téléchargement du dépôt git du cours

Le dépot contient très peu de choses : principalement un script pour installer les logiciels

git clone https://gitlab.u-psud.fr/L1Info/ProjetMathInfo/ProjetMathInfoPublic

Etape 3 : Installation des logiciels

En étant dans le sous-répertoire ProjetMathInfoPublic/binder

conda env create

Pour mettre à jour les logiciels, dans le sous-répertoire ProjetMathInfoPublic/binder

conda env update

Utilisation des logiciels

À l’ouverture du terminal, il faudra activer l’environnement projet-math-info

source activate projet-math-info

Ensuite vous aurez accès à tous les logiciels, dont la commande projet-math-info